Это – последняя надежда, предлагаемая многим пациентам в крупнейших центрах исследований рака: давайте упорядочим Вашу опухоль, и возможно мы можем соответствовать ей к препарату, который отгонит зловредность. Но действительность – то, что геномный анализ все еще только помогает небольшой части больных раком. “Как правило, мы не знаем, что сделать с информацией”, говорит Чарльз Соайерс, исследователь в Мемориале Слоане онкологическом центре Кеттеринга (MSKCC) в Нью-Йорке.
Теперь, несколько крупных американских и европейских академических медицинских центров надеются изменить это путем объединения данных по геномам опухоли пациентов и их исходам болезней. Проект, о котором объявляет сегодня американская Ассоциация для Исследований рака (AACR) на встрече в Бостоне, имеет полный рот акронима: ДЖИН, стоящий за Геномику, Доказательства, Неоплазию, информацию, Обмен. Это возглавлено Лесорубами, помогшими разработать лекарство лейкемии Gleevec, один из самых успешных предназначенных геном методов лечения.Лесорубы говорят, что ДЖИН вырос из разговоров с коллегами в других онкологических центрах, накапливающими опухоль генетические данные в “уме, пугающемся” уровень. “Это рассветало на нас, что несмотря на нашу историю того, чтобы иметь тенденцию быть бункерами, мы могли фактически извлечь выгоду из объединенной операции по совместному использованию данных”, говорит он.
До сих пор семь научно-исследовательских центров наняли, включая MSKCC, Онкологический институт Даны-Фарбера в Бостоне, Университет Джонса Хопкинса в Балтиморе, Мэриленд и трех организациях в Канаде и Европе. AACR поднял $2 миллиона для 2-летней экспериментальной стадии, чтобы скоординировать и хранить данные.
Центры склонны предлагать последовательный больным раком поздней стадии, рак которых распространился. Обычно они не упорядочивают все геномы опухоли; вместо этого, они упорядочивают ряд известных генов рака, таких как BRAF, часто видоизменяющийся при меланомах и EGFR, стимулирующем рост многих опухолей легкого. Последовательный отчет тогда, как правило, переходит к совету экспертов, кто определяет, указывает ли он на определенное лечение. Но несмотря на то, что BRAF и мутации EGFR могут являться целью наркотиков, часто опухоль имеет только редкие мутации, роль которых в раке не хорошо понята.
В других случаях, говорит, что Сойер, редко замеченная мутация предлагает “действительно интересную, дразнящую гипотезу, действующуюся на” в одном научно-исследовательском центре путем предоставления пациенту препарата, утвержденного для другого рака. Проблема, он объясняет, состоит в том, что “результаты тех независимых единственных терпеливых решений не пойманы организованным способом”.ДЖИН позволит исследователям разделять эти редкие случаи лечения и достигать чисел, они должны сделать устойчивые выводы. Проект мог также показать мутации, влияющие на прогноз пациента.
Заключение юридических соглашений с каждым центром того, чтобы надежно разделить данные из медицинской документации не было легкой задачей, Лесорубы говорит. Лидеры также решили не развить стандартную генную группу и вместо этого позволить каждому центру продолжить использовать свое собственное, иногда изготовленный на заказ набор. Они варьируются по размеру — MSKCC’s является одним из самых больших с 410 генами — но большая часть наложения списков, говорят Лесорубы. Все последовательные данные прибудут из лабораторий, соответствующих нормативам качества, должен был использовать данные в клиническом уходе.
Другая проблема выясняла, как дать исследователям, разделяющим их с трудом заработанные данные шанс издать любые значительные открытия. Участники ДЖИНА заставят спустя 3 месяца после упорядочивания опухоли пациента представлять данные Мудрым Биосетям, некоммерческой организации в Сиэтле, Вашингтон, собирающий его в базе данных. В течение следующих 6 месяцев только способствующее учреждение видит что учет отдельного пациента в базе данных.
В течение последующих 6 месяцев это будет открыто для полного консорциума. Наконец, данные пациента будут доступны более широкому научному сообществу.
До сих пор регистрация имеет данные по 17 000 пациентов и надеется достигнуть 100,000 в течение 5 лет. И Лесорубы надеются, что это только вырастет. “Это – вид эксперимента социологии для установленного сотрудничества”, говорит он.