Группа исследователей из Центра Базы данных Науки о жизни (DBCLS) и Национального Института Генетики (и в Исследовательской организации информации и в Системах) разработала веб-инструмент RefEx, который облегчает искать и рассматривать уровни экспрессии гена каждого гена, чтобы найти ссылку для анализа экспрессии гена.RefEx содержит данные из трех видов организмов, человека, мыши и крысы, полученной из нормальных тканей и клеточных линий (556 тканей/клеточных линий всего) измеренный четырьмя различными методами (EST, GeneChip, КЛЕТКА и РНК-seq). Все данные приобретены от общественных баз данных включая тех из проекта FANTOM5. Когда больше общественных данных о выражении станет доступным, RefEx включит их и станет более полезным и точным.
Наряду с обширной коллекцией данных об экспрессии гена, RefEx позволяет сравнение статуса экспрессии гена в каждой ткани/клетке с различием среди методов измерения. Вы можете искать данные определенную группу генов просто названием гена, или генной онтологией и фамилией.
Кроме того, Вы можете выбрать «tissue/cell-specific гены», а именно, гены маркера, представляющие особенности ткани/клетки, вычисленной, применив однородный метод ко всем накопленным общественным данным, щелкнув по символам ткани на странице вершины RefEx.Искать/выбирать результат показывает сравнение относительных уровней экспрессии среди тканей и среди четырех методов измерения, и относительный объем выражения отражен как тепловая карта в 3D модели человеческого тела. Вы можете также сравнить информацию об аннотации (Генная Онтология, и т.д.) на функциях, назначенных на гены в результатах поиска.
Эти функции поддерживают новые открытия знаний и здания гипотезы.Используя RefEx, исследователи могут подтвердить уровень экспрессии генов интереса ко многим тканям или клеткам при нормальном состоянии без настольных экспериментов.
Также полезно как инструмент знать отношения генов, которые, как находят в функциональном анализе, объясняли биологические явления и интерпретировать результаты исследования, приводящие к развитию лекарств и т.д. Таким образом, RefEx, как ожидают, будет способствовать большому разнообразию науки о жизни и медицинского исследования как мощный веб-инструмент для анализа экспрессии гена.