Новое усилие по упорядочиванию генома, нацеливающееся на важного микробового противника растений, могло бы помочь бороться с многочисленными сельскохозяйственными болезнями, а также внезапным смертельным синдромом дуба, который является дубами разрушительной Калифорнии.Каждая из 60 разновидностей водного сладкого гумуса в Фитофторе рода протиста нападает на растения. Самые известные разновидности вызвали картофельную гибель посевов 19-го века, поощрившую иммиграцию от Ирландии до Северной Америки, но две других разновидности оказывают основное влияние сегодня. Фитофтора sojae ответственна за корневую гниль сои, болезнь урожая, стоящая $1 миллиард в год во всем мире.
P. ramorum, который вызывает внезапный смертельный синдром дуба, постепенно истощает живописные лесистые местности дуба Калифорнии и Орегона и мог угрожать другим лесам (ScienceNOW, 10 января).Теперь три федеральных агентства (Министерство энергетики, Национальный научный фонд и Министерство сельского хозяйства) наградили $4 миллиона, чтобы упорядочить и проанализировать полные геномы P. ramorum и P. sojae.
Исследователи при Джеффри Бооре в Совместном Институте Генома в Уолнат-Крике, Калифорния, создадут и соберут последовательности эскиза протистов, и бригада во главе с Бреттом Тайлером в Институте Биоинформатики Вирджинии в Блэксбурге будет идентифицировать гены и интерпретировать их функцию путем расшифровки данных, которые будут обнародованы в течение года. В новом совместном подходе говорит Тайлер, эксперты по Фитофторе будут поощрены участвовать в очистке аннотации через Всемирную паутину.Два генома Фитофторы, когда друг по сравнению с другом и к тем из подобных организмов, могли бы обеспечить маркеры для быстродействующей идентификации присутствия патогена в деревьях, и они могли в конечном счете помочь точно определить гены, определяющие ядовитость, говорит Боор. Кроме того, исследователи потенциально могли отследить болезнь путем нахождения быстро развивающихся частей генома Фитофторы и поиска незначительных различий среди напряжений, заражающих лесистые местности.
Картографирование распространение особенно важно в случае P. ramorum, говорит патолог растения Маттео Гарбелотто из Калифорнийского университета, Беркли. Несмотря на то, что известно, что патогену нужен промежуточный хозяин между нападениями на дубы, он говорит, «в этом пункте мы понятия не имеем, как далеко это может пойти» от одного растения до другого.
Он добавляет, что несмотря на то, что это могло бы быть долгое время, прежде чем болезнь остановлена, геномная информация могла помочь исследователям проверить дубы на сопротивление и понять то, что делает некоторые деревья более восприимчивыми, чем другие.