Краудсорсинговая платформа обнародовала более доступные данные об экспрессии гена

Общественные базы данных содержат миллионы профилей экспрессии гена – данные, которые описывают степень, до которой гены включены или выключены при определенных условиях. Потенциально, ученые могли снова использовать эти данные, чтобы произвести и обратиться к новым вопросам об исследовании.

Например, исследователи могли повторно иметь целью набор данных, сравнивающий образцы крови от рассматриваемых с препаратом и невылеченных людей, чтобы исследовать эффекты пола на лечении. Однако это богатство информации остается в основном неиспользованным для такого повторного использования данных, частично потому что многие биологи испытывают недостаток в экспертном знании программирования, необходимом поиска данных, обработки и анализа. Кроме того, общественные записи базы данных, как правило, содержат сырые данные об исследовании, которые должны быть структурированы для анализа.

OMiCC стремится использовать краудсорсинговые методы, чтобы использовать экспертные знания научного сообщества, чтобы преодолеть эти проблемы. В платформе пользователи могут создать группы данных об экспрессии гена и «аннотировать» их, назначив параметры, такие как типовой тип и болезнь, используя стандартизированный словарь. OMiCC спасает эти созданные пользователями группы и связанные аннотации, делая их доступными для других для повторного использования.В OMiCC пользователи могут объединить эти группы данных и проанализировать информацию от многократных исследований, чтобы искать биологические отношения, статистический подход, известный как метаанализ.

Ученые NIAID ожидают, что, поскольку пользовательское сообщество OMiCC растет, платформа будет развиваться в богатый ресурс, который может преобразовать увеличивающиеся суммы общественных данных в новое биологическое понимание.OMiCC доступен в https://omicc.niaid.nih.gov.

Веб-сайт обеспечивает видео и пошаговое руководство, чтобы помочь пользователям провести платформу.


Блог Александрии