Древняя ДНК может входить в свой Золотой Век, но некоторые исследователи положили глаз на другую молекулу, которая может предложить новый взгляд прошлого: протеин, имеющий некоторые преимущества перед его более известным кузеном. Ткани полны протеина, делая анализ легче.
Протеины также сопротивляются разрушительным действиям времени намного лучше, чем хрупкая ДНК и тем самым имейте потенциал для взгляда далее назад своевременно — исследователи идентифицировали протеины на 300 миллионов лет в окаменелостях рыбы. Древние протеины уже осветили несколько отдаленных уголков прошлой жизни, включая идентификацию родословной странных, потухших южноамериканских млекопитающих, сбивших с толку даже Чарльза Дарвина. Метод кажется особенно многообещающим в археологии, где это может показать диеты и образы жизни прошлых культур.
Однако, метод имеет длинный путь для движения, прежде чем он достигнет зрелости палеогенетики, в основном потому что методы для упорядочивания аминокислот отстают от последовательной ДНК.