Образец возникновения и распределения 5 мГц, как показывали, был крайне важен для регуляции генов и может служить важными биомаркерами для диагностики. Поэтому исследование отношений между ДНК methylation и транскрипцией (первый шаг экспрессии гена) важно для интерпретации клеточных ответов и разработки новых терапевтических стратегий.Обширная ДНК methylation и исследования транскрипции обеспечили большие количества данных; однако, трудно определить критические гены, связанные с развитием рака от этих данных. С этой целью команда исследователей Осакского университета преобразовала большой объем данных в гладкую функцию, используя Гауссовские функции, чтобы извлечь соответствующую информацию из данных – информация, которая служит представительной стоимостью 5 мГц methylation.
«Опухоли содержат поднаселение клеток, названный стволовыми клетками рака (CSCs), которые самовозобновляют и tumorigenic и играют роль в сопротивлении против химиотерапии и радиотерапии», объясняет Масамитсу Конно, сообщил первый автор исследования в Научных Отчетах. «Мы поэтому стремились определять эффективные методы идентификации терапевтических целей, используя модель CSC фермента ornithine декарбоксилаза, чтобы характеризовать внутриклеточные события на основе 5 мГц».Новый вычислительный подход объединяет уровень экспрессии гена и methylation данные о модификации, которые позволяют исследователям успешно идентифицировать TRAF4 как важный ген для устойчивости к химическому воздействию.
Через метод была также определена эффективность лекарств от человеческого желудочно-кишечного рака, включая рак пищевода. О неправильном выражении TRAF4 сообщили при определенных раковых образованиях, включая грудь, легкое и случаи рака простаты, но это – первое исследование, которое покажет, что TRAF4 важен для возможного регулирования функций в CSCs человеческого рака пищевода.
«Наш математический метод может использоваться, чтобы одновременно определить количество и определить chemoresistant потенциальные цели в стволовых клетках рака желудочно-кишечного тракта», говорит соответствующий автор Юичиро Доки. «Наши результаты не только предоставляют ценную информацию для развития новой терапии для рака пищевода, но они также поддерживают объяснение для крупномасштабного показа терапевтических целей разработки лекарственного средства CSC».